产品描述
2015年一项针对4853例各类实体瘤NGS研究表明,FGFR的功能异常发生于7.1%的**样本中,其中基因扩增、基因突变以及染色体重排分别占比为66%、26%及8%,FGFR1、FGFR2,安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询、FGFR3及FGFR4在发病患者中占比为3.5%、1.5%、2.0%及0.5%,安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询。发生率较高的**有尿路上皮*、胆管*、乳腺*、子宫内膜*、鳞状上皮*等,同时,在肺*,安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询、肝*等**中也发现了FGFR的异常***(图3)。图3各类实体瘤中FGFR突变频率[1]04FGFR抑制剂研究现状FGFR抑制剂有望成为泛*种靶向***的新选择,所以FGFR靶点在**领域受关注度较高,目前国内多家药企布局FGFR靶向疗法的研究开发(表2)。表2中国的FGFR抑制剂研发现状05FGFR抑制剂生物标志物研究FGFR抑制剂获批和在研药物,以及相应的临床试验生物标志物研究总结如表3。表3FGFR抑制剂及临床试验生物标志物[7-9]检测FGFR基因变异包括融合、重排、扩增和点突变以及其配体的过表达等,涉及DNA、RNA和蛋白质表达等多个生物学层面,检测方法主要有NGS,qPCR,FISH,IHC以及RNAscope等(表4)。迈杰转化医学拥有专业的病理医生提供相应的阅片或远程病理阅片服务。安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询
PacBio技术的优缺点PacBio技术的优点:*PCR扩增,不会人为的引入突变;**长读长,平均读长可达到10Kb,**长读长可以达到40Kb;覆盖均匀,无GC偏好性;通过reads的自我矫正,10X以上准确率能够达到;可以直接检测到甲基化信息,同步进行表观遗传学识别。PacBio技术的缺点:单条序列错误率较高,平均核苷酸准确性不到85%;测序成本较贵。PacBio技术的应用基因组组装利用PacBio测序平台,可以克服部分序列GC含量高或重复序列多等问题,更好的进行基因组详细描绘,从而进行精细的基因注释等研究。PacBio测序平台不需要进行PCR扩增,因此可以减少基因组组装过程中的人为错误和偏差。PacBio测序平台读长较长,因此相比二代测序拼接结果更为准确,同时可以利用其长片段来填补二代数据组装中产生的gap和连接contig为scaffold。全长转录组测序利用PacBio测序平台读长较长的特点,进行转录组测序可以直接得到转录本的全长序列,省去了二代测序的拼接过程,使得过程更为简便,结果更为准确。 河北全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作迈杰转化医学严格按照IS013485标准规定建立质量体系。
连接测序法连接测序法与其他两种方法不同,因为他不用DNA聚合酶来结合核苷酸,而是用16种8-merOligo核苷酸探针,在相互连接的5端,每个探针都吸附了四种荧光染料其中的一种。每8-mer包含两个探针特异碱基,和6个退化碱基。测序反应开始时,引物先结合到适配序列上,再和相应探针结合。这个探针的结合时在退火条件下由两个探针特异碱基引导,再由DNA连接酶连接到引物序列上。未结合的oligo核苷酸被洗去后,荧光信号就开始检测会记录。在这之后,切割掉荧光信号和8-mer探针的***3个碱基,就可以开始下一个循环了。在大约7个循环的连接之后,DNA会变性,而另一个测序引物,在**个引物的下一个碱基后开始重复这些步骤,总共用5个测序引物。这项技术的主要缺点就是产生的测序片段特别短。离子半导体测序离子半导体测序法时在测序反应种通过释放氢离子来检测一个基因蔟的序列。每个基因蔟直接定位在一个半导体三极管上,这个半导体三极管可以检测溶液的ph值。在核苷酸结合过程中,一个氢离子被释放到溶液中并会被半导体三极管检测到。这个测序反应的进行过程和焦磷酸法类似,但是花费只是他的几分之一。
目前***使用的用于蛋白质鉴定的质谱分析主要使用两种类型质谱:一种是MALDI-TOF直接对分子量进行测量;另一种是使用ESI-MS高分辨率质谱分析电喷雾得到的多电荷信号,然后对信号进行去卷积分析,获得精确分子量数值。这两种方法各有其优点及适用的领域。百泰派克生物同时配备了这两种质谱分析系统,可用于各类蛋白质样品分子量测定,满足包括肽指纹图谱分析及蛋白质鉴定在内的多种蛋白质分子量分析需求。ESI电离喷雾测定分子量案例分析:1大于10KDa分子量的某蛋白药物精确分子量测定百泰派克通过online反相色谱分离后,直接用QExactive质谱仪对原始信号进行采集。然后使用ProMassforXcaliburTM对原始数据进行deconvolution计算,得到样品精确分子量。进入质谱之前的反相色谱分离过程中连接了紫外检测器(如下图所示),在实现对样品分离的同时,还会对样品的纯度进行评估;色谱分离的过程也降低了在精确分子量检测过程中对样品纯度的要求。利用软件对质谱原始数据进行分析时,可以根据TIC(总离子流图)分别对样品中的主要成分和次要成分的分子量进行选择和分析。例如我们对上图中红框标注的主要成分进行分子量分析,我们只需要找到该时刻得到质谱原始数据(如下图所示)。迈杰转化医学利用新一代智能技术补充传统医学的检测模式,赋能医疗健康建设,更好地为临床和患者服务。
图1为两轮多重PCR的二代测序建库过程。图2为10个样本100SNPs平均覆盖深度。具体实施方式下面结合附图和实施例,对本发明的具体实施方式作进一步描述。以下实施例*用于更加清楚地说明本发明的技术方案,而不能以此来限制本发明的保护范围。实施例1.基因组DN**段化a.打开Qsonica超声破碎仪,提前让循环水浴降温,工作温度为4℃。b.转移总量为1ug的基因组DNA到,用NucleaseFreeWater(以下称NFW)补足到100uL,震荡混匀,短时离心。c.将,旋紧中轴,插入顶盖,闭合机器,设定打断程序:振幅-25%,on&off为20s-30秒,时长15分钟。开始打断。d.打断结束后,取出,按照顺序排列整齐,开盖。实施例,先配置去除DNA之外的试剂,按照理论值的125%配,震荡混匀,短时离心,分装到96孔板中,每孔加7uL,之后从前面,盖上盖子。震荡混匀,短时离心。。设定程序:25℃30分钟、72℃15分钟、4℃保持。c.结束后,每孔中加入Ligase(单***)和1uL的Adapter,盖上新的盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育20-30分钟。d.磁珠震荡30秒,充分混匀后,每一孔中加入25uL的磁珠,盖上新盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育5分钟。e.将96孔板或八联管放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后。迈杰转化医学开发的伴随诊断试剂盒,基因突变检测试剂盒,检测范围全。河北全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作
迈杰转化医学针对药物研发过程中靶点、适应症及PD研究中生物标志物等研究的进行方案开发设计。安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询
1977年,WalterGilbert和FrederickSanger发明了***台测序仪,并应用其测定了***个基因组序列,噬菌体X174,全长5375个碱基。由此开始,人类获得了探索生命遗传本质的能力,生命科学的研究进入了基因组学的时代,到至今为止的四十年时间内,测序技术已取得了相当大的发展,从***代发展到了*三代测序技术。Sanger所发明的测序方法被称为***代测序技术,该技术直到现在依然被***使用,但是其一次只能获得一条长度在700~1000个碱基的序列,无法满足现代科学发展对生物基因序列获取的迫切需求。高通量测序(High-ThroughputSequencing,HTS)是对传统Sanger测序的革命性变革,其解决了一代测序一次只能测定一条序列的限制,一次运行即可同时得到几十万到几百万条核酸分子的序列,因此也被称为新一代测序(NextGenerationSequencing,NGS)或*二代测序。*二代测序技术虽然测序的通量**增加,但是其获得单条序列长度很短,想要得到准确的基因序列信息依赖于较高的测序覆盖度和准确的序列拼接技术,因此**终得到的结果中会存在一定的错误信息。因此,科研人员又发明了*三代测序技术也称为单分子测序技术,该技术在保证测序通量的基础上,对单条长序列进行从头测序。 安徽专业迈杰转化医学NGS平台推荐咨询
迈杰转化医学按照ISO 13485和GMP要求,建立了覆盖全平台的产品研发实验室,用于产品研发。实验室能够开展抗体研发,PCR产品、NGS产品、病理产品以及产品化学发光的研发,同时建立了**的产品质检实验室和洁净质检实验室研发实验室已获的欧盟 ISO 13485 认证证书,满足IVD/CDx 产品研发要求,通过NMPA 质量体系考核。
按照GMP和ISO 13485的要求建立覆盖全平台产品生产的生产车间,可以满足I、II、III类各类IVD产品的生产要求,同时建立了4 ℃ 冷藏库和 -20 ℃ 冷冻仓库,满足IVD和医疗器械产品的GSP要求。
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