产品描述
反应体系为20μl,由10μl2×mastermix(德国qiagen公司)、1μl标准品2800m水溶液、引物混合物和无核酶水组成。该反应体系中,各个引物的浓度见表1中*5列,四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作。反应程序:95℃5min;95℃30s,60℃2min,72℃2min,28个循环;72℃5min;4℃保存。3、纯化和定量(1)取pcr扩增产物,按照pcrpurificationkit的说明书步骤进行纯化,得到pcr纯化产物。(2)将pcr纯化产物按照qubittmdsdnahsassaykit说明书,采用,得到pcr纯化产物的浓度。4、文库制备取pcr纯化产物,按照truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit的说明书操作步骤依次进行末端修复、末端修复产物纯化、连接a-tail、连接adapter和连接产物的纯化,然后按照kapalibraryquantificationkit的说明书步骤进行文库定量及文库标准化,完成文库制备。5、上样测试取步骤4制备的文库,使用miseqreagentkitv3-600cycles测序试剂于miseqfgx二代测序仪上进行测序。6、数据分析测序结束后仪器自动生成fastq文件,使用。运行,在notepad中录入68个基因座基因配置文件。基因座基因配置文件如下:①基因座名称,②y,③正向引物后12个碱基,④反向引物前12个碱基的反向互补序列,⑤该基因座**序列的两个重复单元,四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作,⑥一个重复单元的碱基数。迈杰中心实验室设有SLAN 96P、Rotor-Gene Q,四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等实时荧光定量PCR仪及数字PCR仪!四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作
thermofisherscientific)等。研究发现,基于pcr-ce分型时,相同片段长度的等位基因中存在重复区域序列结构不一致的情况。二代测序技术(secondgenerationsequencing,***)又称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing,ngs),具有测序通量高、速度快的优点。ngs不仅能从长度多态性上对str基因座进行分析,还能从序列上发掘str基因座的遗传多态性。随着ngs测序成本越来越低、测序读长逐渐的增加,ngs对str分型技术也越来越成熟。近年来,ngs技术已经应用于法医学str分型研究。相比于pcr-ce分型,ngs技术在y-str基因座的分析中具有很多优势:1、样本输入量低,使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能;2、准确性高,能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证y-str基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性;3、能够获得y-str等位基因间的核苷酸差异信息,由于**重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失),序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因,这种y-str序列多态性是个体识别分析的宝贵资源;4、成本低,通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序。广东专业迈杰转化医学NGS平台共同合作迈杰转化医学获得了欧盟ISO 13485质量认证并通过了国家医疗器械GMP稽查。
商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。3、LifeTechnologiesSOLID:ABI于2007年底推出SOLID系统,之后不断升级至SOLID4。SOLID测序过程中以连接反应取代聚合反应。具体测序流程为:(1)文库制备:将基因组DNA打断,在其两头加上接头,构建成文库;(2)乳液PCR/磁珠富集。此过程与454测序技术类似;(3)微珠沉积;(4)连接测序;(5)数据分析。454测序、Solexa、Solid均是边合成边测序原理,454和Solid均有乳液PCR过程。IonTorrent:2007年454技术创始人罗森伯格创办IonTorrent。LifeTechnologies于2010年收购了IonTorrent,同年推出个人化基因组测序仪PGM。2012年推出IonProton测序仪。Proton更侧重人基因组、外显子组、全转录组测序。PGM测序仪的设计是基于半导体芯片技术,在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到。不需要激光、照相机或标记。现有平台:Solid3,Solid4(100G),IonPGM和IonProton。
02FGFR通路的异常调控FGF/FGFR通路的异常调控由多种因素介导,包括:基因改变(扩增、突变和染色体易位);自分泌和旁分泌信号;血管生成以及上皮间质转化(EMT),进而促进细胞增殖、上皮间质转化和血管生成,并推动**的发***展、侵袭、转移等(图2),其中主要的三种调控途径为:a.FGFR基因扩增导致的蛋白过表达;b.***性突变,该突变通常会导致配体亲和力的提高或受体二聚化的增加及活化(配体不存在的情况下),或激酶结构域的组成性***;c.由染色体易位导致的基因融合。图2FGFR异常调控的致*机制[5]图2FGFR异常调控的致*机制[5]03FGFR异常形式以及在不同**中的分布FGFR常见变异形式包括基因扩增/过表达、***突变、基因融合等,此外还有重排、激酶结构域重复及自分泌***等。FGFR的异常表达已在多种实体瘤肿中检测到,如过表达常发生在肺*、脑*、头颈*、**腺*等,融合常发生在骨髓增生综合征、T细胞淋巴瘤、膀胱*和肝内胆管*等(表1)。迈杰转化医学严格按照IS013485标准规定建立质量体系。
下游的引物IP用于*二轮多重PCR。具体的建库过程是:步骤1,将样本DNA进行片段化处理,随后每个片段两端加上特殊的接头;步骤2,加入***轮扩增的上游引物混合池,与特殊接头互补的通用引物,配制成PCR总体系,进行***轮扩增;步骤3,将***轮PCR产物纯化后,加入*二轮扩增的下游引物混合池,与第二步中使用过的特殊接头互补的通用引物配制成PCR总体系,进行*二轮扩增;步骤4,将*二轮PCR产物纯化后,配置反应总体系,进行Q-PCR定量,稀释到合适的浓度,即可用于二代测序。上述技术方案中,作为推荐,步骤2中,***轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,共20个左右的碱基,Tm值设定在60℃,序列根据目标区域设计得到,多个引物混成一个OP引物池做为***轮PCR的上游引物。PCR总体系为:2倍PCRMix35uL,10umol/LP71uL,1umol/LOP1uL或OP2uL,DNA25uL。上述技术方案中,作为推荐,步骤3中,*二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基,其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右,Tm值设定在60℃,多个引物混成一个IP引物池做为*二轮PCR的上游引物。迈杰转化医学拥有丰富的伴随诊断开发经验,高质量的管理体系和高素质的研发团队。北京抗体全迈杰转化医学NGS平台技术指导
迈杰转化医学希望能和创新型药企共同探索创新生物标志物的临床应用潜力。四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作
订购说明:服务简介:基本流程:客户提供:**终交付:间充质干细胞(mesenchymalstemcells,MSC)是迄今研究**接近临床且适应疾病**丰富的干细胞(造血干*用于血液系统疾病),其研究在国内外进展迅速。尽管间充质干细胞技术相对成熟,但各实验室仍然会面对诸多问题。对于科研实验室,人员流动大,技术积累和稳定困难,有些技术随着人员的更替而流失;对于企业实验室,面临的问题主要有两个,一是全平台建设和维护成本高,二是非第三方数据可信度常受到质疑。MSC来源***,主要包括骨髓、脐带、胎盘、羊膜、胎儿、脐带血、外周血等,不同的组织来源细胞略有差异,但总体特性一致,在合适的培养体系下细胞趋于一致。不同物种的MSC也得到分离,主要包括人、大鼠、小鼠、猪、犬等,不同物种来源的表面标志物有所差异,但分化性能基本相同。弗元生物的间充质干细胞技术平台由从事间充质干细胞研究十余年的人员**建立,具有较为丰富的理论基础和实战经验,旨在为该领域的研究人员提供便利的条件,让实验更简单,让数据更可靠。主要服务技术:间充质干细胞原代分离培养:(物种:人、大鼠、小鼠、兔、犬、猪等;组织:胎盘、羊膜、脐带、脂肪、骨髓、血液等)。四川全平台迈杰转化医学NGS平台共同合作
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