广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务 值得信赖 迈杰转化医学供应

    室温孵育1分钟。e.孔板再次放上磁力架，等待2分钟，溶液澄清后，转移上清到新的孔板中。三、*二轮多重PCRa.*二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物，在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基，其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右，Tm值设定在60℃，多个引物混成一个IP引物池做为*二轮PCR的上游引物。P7的序列：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG-3’。配置PCR总体系，按照理论值的125％配制，震荡混匀，短时离心。b.孔板放入PCR仪中，选择MAPlex-2nd程序运行2个小时。四、PCR产物纯化步骤同二，做两次纯化，彻底去除引物二聚体。***次使用28uL的磁珠纯化，用20uL的NFW洗脱；*二次用20uL的磁珠纯化，用25uL的NFW洗脱。五、电泳鉴定每个样品取5uL，进行％的琼脂糖电泳，观察是否有条带，以及条带长度是否在300-400bp之间。实施例5.文库定量与混合a，广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务.将标准品、荧光定量试剂、引物从-20℃取出放置于冰上融化。b.样品稀释10000倍，分两次梯度稀释。***次取文库原液2uL，加入198uL的NFW，广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务，振荡混匀或者用***吹打混匀，短时离心，广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务。再从中取出10uL，加入990uLNFW，振荡混匀或者用***吹打混匀，短时离心。迈杰转化医学分子平台可以基于成熟的qPCR技术定量检测外源载体拷贝数，应用于药物分布实验如CAR-T等。广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务

    下游的引物IP用于*二轮多重PCR。具体的建库过程是：步骤1，将样本DNA进行片段化处理，随后每个片段两端加上特殊的接头；步骤2，加入***轮扩增的上游引物混合池，与特殊接头互补的通用引物，配制成PCR总体系，进行***轮扩增；步骤3，将***轮PCR产物纯化后，加入*二轮扩增的下游引物混合池，与第二步中使用过的特殊接头互补的通用引物配制成PCR总体系，进行*二轮扩增；步骤4，将*二轮PCR产物纯化后，配置反应总体系，进行Q-PCR定量，稀释到合适的浓度，即可用于二代测序。上述技术方案中，作为推荐，步骤2中，***轮特异性引物是普通的PCR扩增引物，共20个左右的碱基，Tm值设定在60℃，序列根据目标区域设计得到，多个引物混成一个OP引物池做为***轮PCR的上游引物。PCR总体系为：2倍PCRMix35uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA25uL。上述技术方案中，作为推荐，步骤3中，*二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物，在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基，其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右，Tm值设定在60℃，多个引物混成一个IP引物池做为*二轮PCR的上游引物。吉林Claudin18.2迈杰转化医学NGS平台共同合作迈杰转化医学为**合作伙伴提供包括生物标记物挖掘、药物靶点验证、伴随诊断开发等一体化解决方案。

    既节约时间又降低测序成本。目前，基于法庭科学领域运用**多的ngs系统为illumina公司的miseqfgxtm系统和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系统，但针对以上平台的二代测序商业化str分型试剂盒的研发尚处于起步阶段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上试剂盒涉及的y-str相对较少，三个试剂盒分别包含了1个y-str基因座、26个y-str基因座、2个y-str基因座。同时存在试剂盒价格昂贵，配套的数据分析软件只能针对各自开发试剂盒，参数的设置相对固定，只能对固有基因座的测序数据进行分析，不利于法医学实际应用。因此，构建一种适用于当前主流二代测序检测平台miseqfgxtm系统及开放性测序数据分析软件straitrazor、myflq等，且能容纳更多y-str基因座的复合扩增体系具有一定的意义。技术实现要素：本发明的目的是制备检测更多y-str基因座的试剂盒，提高了父系亲缘关系分析能力和鉴定效能。本发明首先保护引物组合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均为单链dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。

    *三代测序技术以PacBio公司的SMRT技术和OxfordNanoporeTechnologies公司的纳米孔单分子技术为**的新一代测序技术被称为*三代测序技术，与前两代测序技术相比，其比较大的特点就是单分子测序，测序过程*进行PCR扩增，并且理论上可以测定无限长度的核酸序列。PacBio技术平台SMRT芯片是一种带有很多ZMW孔的厚度为100nm的金属片，将DNA聚合酶、待测序列和不同荧光标记的dNTP放入ZMW孔的底部。荧光标记的位置是磷酸基团，当一个dNTP被添加到合成链上的同时，它会进入ZMW孔的荧光信号检测区，根据荧光的种类就可以判定dNTP的种类，从而获得核酸的碱基序列信息。ZMW孔PacBio平台测序原理每个ZWM孔只允许一条DNA模板进入，DNA模板进入后，DNA聚合酶与模板结合，加入4种不同颜色荧光标记4种dNTP，其通过布朗运动随机进入检测区域并与聚合酶结合从而延伸模板，与模板匹配的碱基生成化学键的时间远远长于其他碱基停留的时间，因此统计荧光信号存在时间的长短，可区分匹配的碱基与游离碱基。通过统计4种荧光信号与时间的关系，即可测定DNA模板序列。 迈杰转化医学目前已完成约30+靶点的方法学验证，50+靶点的方法学建立。

    且是随机错误，而不是聚集在读取的两端；③数据可实时读取；④通量很高(30x人类基因组有望在***内完成)；⑤起始DNA在测序过程中不被破坏；⑥样品制备简单又便宜；⑦可直接测序RNA。2、PacBioSMRT纳米孔+荧光可逆终止dNTP技术原理：PacBioSMRT技术其实是应用了边合成边测序的思想（使用4色荧光标记4种碱基），其**长读长的关键在于使用了活性持久且高保真的DNA聚合酶，并以SMRT芯片为测序载体（ZMW原理）。优势劣势：①SMRT技术的测序速度很快，每秒约10个dNTP；②错误率较高，达到15%，出错随机，可通过多次测序来进行有效的纠错（如使用Sparc对30X的数据进行分析，错误率可达到）；③原始DNA不被破坏；④读长可达10kbp。3、HelicosHeliscope单分子荧光可逆终止技术原理：该技术基于边合成边测序的思想，将DNA随机打断成小片段分别进行dNTP荧光标记，经过不断地重复合成、洗脱、成像、淬灭过程完成测序。主要步骤：①制备：DNA打断加polyA+Cy3②测序：dNTP荧光可逆终止特点：①读取长度约为30-35bp，每个循环的数据产出量为21-28Gb；在测序完成前，各小片段的测序进度不同；②可根据同聚物的合成会导致荧光信号的减弱这一特点来推测同聚物的长度。迈杰转化医学与**品牌药企广f泛展开伴随诊断产品的开发合作，已有多个诊断产品上市。吉林Claudin18.2迈杰转化医学NGS平台共同合作

迈杰转化医学利用数字PCR进行低丰度突变研究等；提供循环肿l瘤DNA检测，可检测EGFR、ERBB2等Biomarker。广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务

    ⑦侧翼序列碱基数，各部分之间用tab键隔开。按照这种格式依次对68个基因座进行录入。68个基因座基因配置文件录入完成后，运行***。该文件给出了①基因座名称，②基因分型，③扩增子碱基数，④扩增子序列信息，⑤测序深度五个部分。根据国际法医遗传学会(internationalsocietyforforensicgenetics，isfg)发表的关于y-str基因座的str序列指南()和niststr数据库(strbase.)y染色体str情况说明对67个y-str基因座的序列构建**重复结构。实验结果见表3。结果表明，标准品2800m得到了完整的str分型，完**够满足法医str检验的要求。表3-1注：n与其后数字表示一段碱基序列，其后数字表示序列的碱基数目。表3-2注：n与其后数字表示一段碱基序列，其后数字表示序列的碱基数目。二、采用实施例1制备的试剂盒的应用——口腔拭子样本的基因座分型样本一、样本二和样本三为3名汉族男性无关个体的口腔拭子的基因组dna，浓度均为1ng/μl。3名汉族男性均知情同意。将步骤一中的标准品2800m水溶液替换为样本一、样本二或样本三，其它步骤均不变。检测结果见表3。结果表明，样本一、样本二和样本三均获得了完整的str分型结果。 广东抗体全迈杰转化医学NGS平台创新服务

迈杰转化医学中心实验室建立了覆盖全平台检测业务的中心实验室，具备STARLIMS系统，用于样本/数据管理，能够提供分子检测、病理检测、蛋白检测、生物大分子检测以及流式和细胞检测等全平台的服务。已经获的CNAS ISO 17025的认证、美国病理学家协会CAP认证证书，并多次通过NCCL室间质评/CAP PT认证，可以提供高质量的服务，同时建立了样本接收和生物样本库，可以满足各类温度要求的样本保存，满足中心实验室的要求。

按照CNAS、ISO 15189和临检要求，建立的临床检测实验室。可进行泛实体ai、肺ai、胃ai等ai种的检测，2018年12月取得临床基因扩增检验实验室技术审核验收合格证书。